Puedes usar encima si te refieres a ‘en lugar o parte superior con respecto a algo’ o puedes usar enzima si te refieres a una molécula, pero nunca utilices «en cima» para ninguno de los dos.

Encima.

Es un adverbio de lugar y significa:

1. En una posición o parte superior, o más elevada: «El libro está encima de la mesa».

2. Por si fuera poco: «Me humilla y encima quiere que sonría».

3. Sobre sí o sobre la propia persona: «Lleva una carga pesada encima».

4. Muy cerca o muy próximo: «Ya está encima la Navidad y no he comprado los regalos».

Enzima.

Nombre ambiguo que significa:

Molécula de gran tamaño producida por las células vivas y que actúa como catalizadora en las reacciones químicas del organismo.

El uso mayoritario y preferible es en femenino: la enzima.